Θόρυβος έχει προκληθεί στο Διαδίκτυο λόγω δημοσιευμάτων περί «εξοστρακισμού» της πρωινής προσευχή στα σχολεία, σε εγκύκλιο με θέμα «Λειτουργία Δημοτικών Σχολείων για το σχολικό έτος 2016-2017».
Συγκεκριμένα – αν και, σχετικά με την έναρξη του σχολικού έτους, αναφέρεται ότι γίνεται κανονικά ο Αγιασμός- στο κεφάλαιο σχετικά με την έναρξη του ημερήσιου προγράμματος αναφέρονται τα εξής:
«Το καθημερινό ημερήσιο σχολικό πρόγραμμα αρχίζει στις 8.00 με την προσέλευση των μαθητών στο χώρο του σχολείου. Οι υπεύθυνοι εκπαιδευτικοί εφημερίας υποδέχονται τους μαθητές στις εισόδους του σχολείου και οι γονείς–συνοδοί αποχωρούν. Κατά τη διάρκεια του χρόνου της προσέλευσης των μαθητών (8.00-8.10) δεν παρευρίσκεται χωρίς άδεια στο χώρο του σχολείου ουδείς άλλος εκτός των μαθητών και των εκπαιδευτικών. Στις 8.10, μετά το ηχητικό σήμα (κουδούνι), 8 με ευθύνη των εφημερευόντων κλείνουν οι είσοδοι και οι μαθητές συγκεντρώνονται κατά τμήματα ή τάξεις στον προκαθορισμένο χώρο και τα τμήματα ή τις τάξεις επιτηρούν οι διδάσκοντες σε αυτά την 1η διδακτική ώρα. Εκ μέρους του συλλόγου διδασκόντων ο Διευθυντής του σχολείου ή αναπληρωτής του ή μέλος του Συλλόγου Διδασκόντων προβαίνει σε πιθανές ανακοινώσεις-οδηγίες που αφορούν την εύρυθμη λειτουργία του σχολείου και την μαθητική ζωή της συγκεκριμένης μέρας ή και σε γενικότερα θέματα. Μετά το πέρας της συγκέντρωσης οι μαθητές κατά τμήματα και οργανωμένα κατευθύνονται στις αίθουσές τους συνοδεία των εκπαιδευτικών που διδάσκουν την 1η ώρα. Τέλος εφαρμόζονται οι προβλέψεις του ΠΔ 201/98 (ΦΕΚ 161 τ. Α΄), άρθρο 13, παρ. 5, εδάφ. α και β και παρ. 10, εδαφ. δ.».
Γενικότερα, στην εγκύκλιο δεν υπάρχει αναφορά σε προσευχή- κάτι που προκάλεσε αντιδράσεις, καθώς στην αντίστοιχη περσινή εγκύκλιο υπήρχε κομμάτι με σχετική αναφορά περί πρωινής κοινής προσευχής και ανάρτησης σημαίας.
Ωστόσο, και στις δύο εγκυκλίους διευκρινίζεται ότι ακολουθούνται όσα προβλέπονται από το ΠΔ 201/98 (ΦΕΚ 161 τ. Α΄), άρθρο 13, παρ. 5. Στο κείμενο του προεδρικού διατάγματος υπάρχει σαφής αναφορά σε πρωινή προσευχή και σημαιοστολισμό και διευκρινίζεται ότι πριν την έναρξη των μαθημάτων πραγματοποιείται κοινή προσευχή μαθητών και διδακτικού προσωπικού στο προαύλιο. Συμπληρώνεται πως «οι εκπαιδευτικοί συμμετέχουν υποχρεωτικά στην πρωινή προσευχή και στον εκκλησιασμό και επιβλέπουν το τμήμα τους. Η συμμετοχή και των μη ορθοδόξων εκπαιδευτικών είναι υποχρεωτική για την επιτήρηση των μαθητών τους. Η συμμετοχή των ετερόδοξων μαθητών στην πρωινή προσευχή γίνεται σύμφωνα με τα αναφερόμενα στο εδάφιο δ της παραγράφου 10 αυτού του άρθρου».
Οπότε, το συμπέρασμα που προκύπτει είναι ότι στην εγκύκλιο το υπουργείο Παιδείας φαίνεται να παραλείπει την αναφορά στην προσευχή, παραπέμποντας ωστόσο στο σχετικό Προεδρικό Διάταγμα με το οποίο η προσευχή προβλέπεται, μέσω σαφούς αναφοράς.
Σε σχετικό σχόλιο προέβη και η Διαρκής Ιερά Σύνοδος: «Τέλος, σε σχέση με δημοσιεύματα, στα οποία αναφέρεται ότι καταργείται η προσευχή στα σχολεία διευκρινίζεται ότι η πρωινή προσευχή στα σχολεία συνεχίζει να προβλέπεται στο άρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α του Προεδρικού Διατάγματος 201/1998 (ΦΕΚ Α’ 161/1998), ενώ η συγκεκριμένη διάταξη επαναλαμβάνεται στην Εγκλύκλιο του Υπουργείου Παιδείας, η οποία υπενθυμίζει ότι: "Τέλος εφαρμόζονται οι προβλέψεις του Π.Δ. 201/98 (ΦΕΚ 161 τ. Α’), άρθρο 13, παρ. 5, εδάφιο α και β και παρ. 10, εδάφιο δ". Ειδικότερα, κατά το άρθρο 13 παρ. 5 εδάφιο α του Προεδρικού Διατάγματος 201/1998 προβλέπεται ότι: "α. Πριν από την έναρξη των μαθημάτων πραγματοποιείται κοινή προσευχή των μαθητών και του διδακτικού προσωπικού στο προαύλιο του σχολείου με ευθύνη των εκπαιδευτικών που εφημερεύουν......"».