Από τις επιθέσεις στις ΗΠΑ την 11η Σεπτεμβρίου του 2001 και μετά, η Αλ Κάιντα αναδείχθηκε αδιαμφισβήτητα στην ισχυρότερη ισλαμική τρομοκρατική οργάνωση. Ο ιδρυτής και ηγέτης της, ο Σαουδάραβας Οσάμα μπιν Λάντεν, θεωρείτο από τους Δυτικούς ο πιο επικίνδυνος άνθρωπος στον κόσμο. Με τον καιρό όμως, όλα αυτά άλλαξαν. Οι ένοπλες επεμβάσεις των ΗΠΑ σε Ιράκ και Αφγανιστάν, ο θάνατος του Οσάμα μπιν Λάντεν και η ραγδαία άνοδος του ISIS, αποδυνάμωσαν την Αλ Κάιντα. Η επιρροή της στις μικρότερες οργανώσεις τζιχαντστών εξασθένισε σημαντικά. Παράλληλα, πολλοί μαχητές εγκατέλειψαν τις τάξεις της και προσχώρησαν στο ISIS. Η Αλ Κάιντα έπεσε στην αφάνεια. Για να εξασφαλίσει την επιβίωσή της, έπρεπε να αναδιοργανωθεί, να επεκταθεί εδαφικά και να αυξήσει την στρατιωτική της ισχύ. Και αυτό ακριβώς έκανε.
Τα τελευταία χρόνια, η Αλ Κάιντα υιοθέτησε μια τελείως διαφορετική τακτική, χωρίς «φανφάρες και τυμπανοκρουσίες». Οι κινήσεις της έγιναν λιγότερο εντυπωσιακές αλλά πιο στρατηγικές και ουσιώδεις. Παρόλο που βρισκόταν υπό την σκιά του ISIS, η Αλ Κάιντα προετοίμαζε αθόρυβα και μεθοδικά την επανεμφάνισή της. Σταδιακά, επέκτεινε την δύναμή της, ιδρύοντας παραρτήματα σε διάφορες χώρες και κλείνοντας συμμαχίες με τοπικές τζιχαντιστικές οργανώσεις, οι οποίες προσχώρησαν στους κόλπους της. Σήμερα, η Αλ Κάιντα διαθέτει κλάδους και θυγατρικές σε πολλές χώρες της Αφρικής και της Ασίας, αυξάνοντας τόσο το κύρος της, όσο και τον αριθμό των μαχητών της. Οι σημαντικότερες από αυτές τις οργανώσεις είναι οι παρακάτω:
Χαγιάτ Ταχρίρ αλ-Σαμ (HTS) είναι η ισχυρότερη από της θυγατρικές της Αλ Κάιντα, με 20.000 μαχητές στις γραμμές της. Αποτελεί συγχώνευση περισσότερων ενόπλων ομάδων τζιχαντιστών και το προπύργιό της βρίσκεται στην βόρεια Συρία. Η HTS σχηματίστηκε τον Ιανουάριο του 2017 και από τότε συμμετέχει ενεργά στον εμφύλιο πόλεμο, ο οποίος σπαράσσει την χώρα εδώ και οκτώ χρόνια.
Η Αλ Κάιντα της Αιγύπτου, με μόνο 1000 ενόπλους στην διάθεσή της, περιορίζει προς το παρόν την δράση της στην Χερσόνησο του Σινά. Παρόλα αυτά, αποτελεί μια από τις παλαιότερες τρομοκρατικές οργανώσεις τζιχαντιστών, αφού υπάρχει από το 2006.
Η αλ Κάιντα στην Αραβική Χερσόνησο (AQAP) προέκυψε το 2009, από την συνένωση των ενόπλων τζιχαντιστών της Υεμένης και της Σαουδικής Αραβίας. Υπολογίζεται ότι υπό τις διαταγές της βρίσκονται 7.000 άνδρες.
Η Αλ Σεμπάμπ ξεκίνησε την δράση της το 2006, αλλά τέθηκε οικειοθελώς υπό την διοίκηση της Αλ Κάιντα το 2012. Οι 6.000 μαχητές της δρουν κυρίως στην Σομαλία, την Κένυα, την Ουγκάντα και γενικότερα την ανατολική Αφρική.
Η Αλ Κάιντα στο Iσλαμικό Μαγκρέμπ (AQIM) υπάρχει ουσιαστικά από το 2006, με βάση την Αλγερία. Σκοπός της οργάνωσης είναι η ανατροπή της κυβέρνησης και η εγκαθίδρυση ισλαμικού κράτους στην χώρα. Οι αλγερινές κυβερνητικές δυνάμεις έχουν καταφέρει σημαντικά πλήγματα στην AQIM, αναγκάζοντας την να υποχωρήσει σε χώρες της δυτικής Αφρικής και του Σαχέλ, δηλαδή της περιοχής νότια της ερήμου Σαχάρα. Σήμερα η οργάνωση αριθμεί περί τους 9.000 μαχητές, εκ των οποίων οι 5.000 βρίσκονται στην Λιβύη.
Η Αλ Κάιντα στην Ινδική Υποήπειρο (AQIS) ιδρύθηκε τον Σεπτέμβριο του 2014. Παρά το ότι διαθέτει συνολικά μόνο 1.100 άνδρες, έχει την δυνατότητα να δρα σε αρκετές χώρες. Η AQIS διατηρεί ένοπλους πυρήνες στην Ινδία, το Πακιστάν, το Μπανγκλαντές, το Αφγανιστάν και την Μιανμάρ.
Η οργάνωση Τζαμαά Νουσράτ αλ-Ισλάμ ουάλ Μουσλιμίν (JNIM) σχηματίστηκε τον Μάρτιο του 2017, από την ένωση διάφορων μικρότερων τζιχαντιστικών ομάδων, στο Μάλι και την δυτική Αφρική. Αποτελεί την πιο ολιγάριθμη θυγατρική της Αλ Κάιντα, με μόλις 800 μαχητές υπό τις διαταγές της. Μέχρι στιγμής ευθύνεται για τον θάνατο τουλάχιστον 46 ατόμων.
Η Αλ Κάιντα, μέσω των θυγατρικών της, προσπαθεί να κερδίσει την συμπάθεια και την υποστήριξη των ντόπιων πληθυσμών, στις χώρες όπου δρα. Χρηματοδοτεί την κατασκευή υποδομών, οι οποίες βελτιώνουν την ζωή των κατοίκων, και επιδιώκει την καταπολέμηση της διαφθοράς των τοπικών αρχόντων. Παράλληλα, η Αλ Κάιντα έχει δώσει εντολές στους μαχητές της να αποφεύγουν κάθε συμπεριφορά που θα μπορούσε να δυσαρεστήσει ή να εξοργίσει τους ντόπιους, στις περιοχές τις οποίες διατηρεί υπό την κατοχή της. Όλα αυτά έρχονται σε αντίθεση με την πιο σκληρή τακτική, που είχε υιοθετεί το ISIS απέναντι στους πληθυσμούς της Συρίας και του Ιράκ. Η Αλ Κάιντα δηλαδή, προβάλλει πλέον το αφήγημα ότι αντιπροσωπεύει την υποτιθέμενη «καλή πλευρά» του τζιχαντισμού.
Όλες αυτές οι αλλαγές τακτικής δεν αποτελούν βέβαια δείγματα αδυναμίας. Το αντίθετο μάλιστα. Η υιοθέτηση μιας πιο αθόρυβης στρατηγικής, δεν σήμαινε σε καμιά περίπτωση ότι η Αλ Κάιντα είχε χάσει την επιθετικότητα και την αποφασιστικότητά της. Οι θυγατρικές και τα παραρτήματα της, αύξησαν αισθητά την πολεμική της ικανότητά και έγιναν το όργανο μέσω του οποίου πραγματοποιήθηκε η δυναμική της επανεμφάνιση. Για του λόγου το αληθές, αρκεί να σημειωθεί ότι το 2018, η Αλ Κάιντα ήταν υπεύθυνη για 316 επιθέσεις σε διάφορες χώρες ανά τον κόσμο.