Με νέο, αιχμηρό άρθρο του, ο πρώην υπουργός Παιδείας κάνει απολύτως σαφές ότι είναι αντίθετος με τον ρόλο της Εκκλησίας στο μάθημα των θρησκευτικών, υπογραμμίζει ότι «ένα ουδετερόθρησκο σχολείο αποτελεί μέρος της αναγκαίας μεταρρύθμισης για ένα δημοκρατικό, σύγχρονο και ανοιχτό σχολείο» ενώ χαρακτηρίζει «ρουτίνα» την καθημερινή, υποχρεωτική προσευχή στα σχολεία, επισημαίνοντας ότι πολλοί εκπαιδευτικοί αναρωτιούνται για τη σκοπιμότητα της.
Παράλληλα, ο Νίκος Φίλης, προτρέπει την κυβέρνηση να προχωρήσει σε αλλαγές λέγοντας πως «οι συνταγματικές διατάξεις όχι μόνο δεν εμποδίζουν, αλλά επιτάσσουν στην Πολιτεία να αναλάβει ανάλογες δράσεις».
Αποσπάσματα από το άρθρο του Νίκου Φίλη στην Εποχή, που αναδημοσιεύεται από την ιστοσελίδα που απηχεί τις απόψεις των 53, commonality.gr :
Για το μάθημα των θρησκευτικών και τις παρεμβάσεις της εκκλησίας
«Οι παρεμβάσεις της Εκκλησίας στην εκπαίδευση είναι φανερές και κρυφές και συνιστούν ένα ολόκληρο πλέγμα θεσμικών και συμβολικών ρόλων, που εισχωρεί στην καθημερινότητα του σχολείου και έχει ως επιστέγασμα τη συνύπαρξη στο ίδιο υπουργείο της Παιδείας με τα Θρησκεύματα. Παρότι η νομοθεσία αναγνωρίζει στην Πολιτεία την αποκλειστική αρμοδιότητα να αποφασίζει για την εκπαιδευτική πολιτική, η Ιεραρχία, εκμεταλλευόμενη την πολιτική ισχύ της (πραγματική ή νομιζόμενη και πάντως αναγνωριζόμενη με ευλαβικό τρόπο από το πολιτικό σύστημα και όλες τις κυβερνήσεις…), έχει επιβάλει ουσιαστικά την αρχή της συναπόφασης σε σημαντικές υποθέσεις».
«H αντίληψη εκκλησιαστικής επιβολής στην εκπαίδευση που υποκρύπτεται παραδοσιακά και μέσω του μαθήματος των Θρησκευτικών συνιστά μείζον θέμα. Αφορά στα ατομικά δικαιώματα, αλλά και την αναγκαία γνώση που θα έπρεπε να έχει το παιδί για να κατανοήσει το σύγχρονο κόσμο, σε μια περίοδο που οι θρησκείες διαδραματίζουν πολιτισμικό και πολιτικό ρόλο και ο «άλλος» είναι πολύ κοντά μας, είναι το παιδί του διπλανού θρανίου. Με αυτή την έννοια, το ουδετερόθρησκο σχολείο αποτελεί μέρος της αναγκαίας μεταρρύθμισης για ένα δημοκρατικό, σύγχρονο και ανοιχτό σχολείο».
Για την κατάργηση της προσευχής στα σχολεία
«Αντιθέτως, παραμένει η καθημερινή υποχρεωτική προσευχή στα Δημοτικά σχολεία. Πολλοί εκπαιδευτικοί αλλά και εκκλησιαστικοί παράγοντες έχουν διερωτηθεί ποια είναι η σκοπιμότητα της καθημερινής υποχρεωτικής προσευχής, ένα μέτρο που έχει καταντήσει ρουτίνα. Παρατηρείται επίσης ότι η επιβολή λατρευτικών πρακτικών στα μικρά παιδιά μπορεί να εκλαμβάνεται από αυτά ως μια μορφή επηρεασμού της προσωπικότητάς τους, τόσο ξένη μάλιστα με το γενικότερο μήνυμα ελευθερίας του Χριστιανισμού. Γνωρίζω ότι το θέμα της προσευχής χρειάζεται εξαντλητική συζήτηση και αναζήτηση συναινέσεων, σε μια κοινωνία και ένα σχολείο που όλο και περισσότερο αποκτούν πολυθρησκευτική σύνθεση, ενώ, ταυτόχρονα, βαθαίνει η διαδικασία της εκκοσμίκευσης».
Για την αναγραφή του θρησκεύματος στους τίτλους σπουδών
«Στα ανεπίλυτα προβλήματα συμπεριλαμβάνεται η αναγραφή του θρησκεύματος στους τίτλους σπουδών. Πρόκειται για μέτρο που παραβιάζει τη νομοθεσία για την προστασία των ευαίσθητων προσωπικών δεδομένων και επιβιώνει περίπου 20 χρόνια από την κατάργηση της αναγραφής του θρησκεύματος στις ταυτότητες. Στα αρχεία του υπουργείου Παιδείας απόκειται τροπολογία που είχαμε ετοιμάσει για την κατάργηση αυτού του αναχρονισμού, εν όψει μάλιστα της επαπειλούμενης παραπομπής της χώρας στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο. Η γνωστή εξέλιξη με την απομάκρυνσή μου από το υπουργείο Παιδείας, είχε ως συνέπεια να μην προωθηθεί τελικώς η εν λόγω τροπολογία, η αλλαγή της εγκυκλίου Λοβέρδου και μια σειρά άλλες παρεμβάσεις που συνιστούσαν αποφασιστική τομή και ενδυνάμωση της θρησκευτικής ελευθερίας στο σχολείο».