Ανήκει στα αεροδρόμια που διαχειρίζεται η Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, πολλά εκ των οποίων εξυπηρετούν τις λεγόμενες άγονες γραμμές.
Το αεροδρόμιο Κυθήρων, μπορεί να έχει μικρή επιβατική κίνηση, δεδομένου του μεγέθους του νησιού (ρεκόρ το 2019 με 39.584 επιβάτες), εντούτοις έχει τη δική του ιστορία και μάλιστα μισού αιώνα.
Οι παλαιότεροι ίσως θυμούνται την προσγείωση του θρυλικού Skyvan της Ολυμπιακής Αεροπλοΐας, «Νήσος Μύκονος», με νηολόγιο SX-BBN, στον χωμάτινο -τότε- διάδρομο του αεροδρομίου «Αλέξανδρος Αριστοτέλους Ωνάσης». Ηταν 20 Δεκεμβρίου του 1971.
Για να γιορταστεί αυτό το ιστορικό γεγονός, της λειτουργίας του αεροδρομίου επί 50 χρόνια, με πρωτοβουλία του αερολιμενάρχη Σταύρου Παϊζάνου και με τη συνεργασία του Δήμου Κυθήρων, τοπικών φορέων και ξενοδόχων του νησιού, πραγματοποιήθηκαν ποικίλες εκδηλώσεις, από δωρεάν πτήσεις για κατοίκους του νησιού με αεροπλάνα της Γενικής Αεροπορίας (παράλληλα με επετειακό Fly In της AOPA Hellas), πτήσεις με αερόστατο, πτήσεις με αλεξίπτωτο ελεύθερης πτώσης (skydiving), με αλεξίπτωτο πλαγιάς (parapente), με αετό βουνού, ενώ είχαμε και συναυλία του Χρήστου Θηβαίου στον Αβλέμωνα Κυθήρων.
Επίσης, παράλληλα με το «ALEXANDER ONASSIS AIR SHOW 2021» και στο πλαίσιο του επετειακού Fly In της Ελληνικής Αεραθλητικής Ομοσπονδίας (ΕΛ.Α.Ο), διεξήχθηκαν εκδηλώσεις με την συμμετοχή 110 αεραθλητών της ΕΛ.Α.Ο, από 7 διαφορετικά αεραθλήματα και 32 αεροπλάνα. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον είχε η παρουσίαση δραστηριοτήτων αερομοντελισμού σε μαθητές Δημοτικών Σχολείων και οι πτήσεις αερομοντελισμού. Βέβαια, το μεγάλο φινάλε θα δοθεί στις 20 Δεκεμβρίου 2021.
Αξίζει να σημειωθεί ότι στο αεροδρόμιο έχουν γίνει αρκετές εργασίες αναβάθμισης, όπως η αντικατάσταση της κεντρικής μονάδας κλιματισμού, οι αντηλιακές μεμβράνες βιοκλιματικής αναβάθμισης του πύργου ελέγχου, αναβαθμίστηκε αμαξοστάσιο των Πυροσβεστικών Οχημάτων, συντηρήθηκαν οι προσόψεις και της κεντρικής αίθουσας, δημιουργήθηκαν 300 επιπλέον τετραγωνικά μέτρα κλειστών χώρων, κ.ά., συνολικού προϋπολογισμού 250.000 ευρώ.
Καταλήγοντας, από τον Ιανουάριο έως και τον Αύγουστο του 2021, σημειώθηκαν στο αεροδρόμιο των Κυθήρων 17.058 αφίξεις και αναχωρήσεις επιβατών.