Το νησί Αλκατράζ, πολύ πριν συνδεθεί με τους χειρότερους εγκληματίες των ΗΠΑ -και αργότερα, ένας σύντομος τόπος ελπίδας και ενδυνάμωσης για τους ιθαγενείς Αμερικανούς- φιλοξενούσε τεράστιες αποικίες καφέ πελεκάνων.
Τα πουλιά ενέπνευσαν την ονομασία Isla de los Alcatraces (Νησί των πελεκάνων), η οποία καταγράφηκε από τον Ισπανό εξερευνητή Juan Manuel de Ayala το 1775.
Στο τέλος του Μεξικανοαμερικανικού Πολέμου το 1848, αφότου η Πολιτεία της Καλιφόρνια έγινε επίσημα ιδιοκτησία των Ηνωμένων Πολιτειών, το νησί Αλκατράζ αναπτύχθηκε ως στρατιωτικό φυλάκιο των ΗΠΑ για να παρακολουθεί τη δραστηριότητα στον κόλπο του Σαν Φρανσίσκο κατά τη διάρκεια του Χρυσού Βιασμού.
Αργότερα, το νησί θα χρησιμοποιηθεί ως προπύργιο ενάντια στις προσπάθειες των Συνομοσπονδιακών να καταλάβουν την εξουσία του Σαν Φρανσίσκο κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου Πολέμου των ΗΠΑ.
Οι περισσότεροι έχουμε ακούσει για την ομοσπονδιακή φυλακή Αλκατράζ η οποία είχε τη φήμη της ως μία από τις πιο δύσκολες ομοσπονδιακές φυλακές για απόδραση, όσο ήταν σε λειτουργία. Ο πιο διάσημος κρατούμενος ήταν ο Αλ Καπόνε, ο διαβόητος γκάνγκστερ του Σικάγο, ο οποίος μεταφέρθηκε στις ομοσπονδιακές φυλακές του Αλκατράζ το 1934.
Στις 4 Μαΐου του 1946 σημειώθηκε σοβαρότατη εξέγερση των κρατουμένων που εξελίχθηκε σε διήμερη μάχη, η οποία τελικά κατεστάλη από επέμβαση μονάδων του αμερικανικού πολεμικού ναυτικού με αποτέλεσμα 3 κρατούμενοι και 2 φύλακες να χάσουν τη ζωή τους και να τραυματιστούν περισσότερα από 15 άτομα.
Στις 11 Ιουνίου του 1962 από τις εν λόγω φυλακές κατάφεραν να δραπετεύσουν οι Φρανκ Μόρρις, Τζον Άγκλιν και Κλάρενς Άγκλιν που θεωρείται πως ήταν και οι μοναδικοί που κατάφεραν ποτέ να αποδράσουν, στην ιστορία των φυλακών αυτών. Η ιστορία αυτής της απόδρασης έχει μεταφερθεί και στη κινηματογραφική σκηνή με τον τίτλο «Escape from Alcatraz» (Απόδραση από το Αλκατράζ).
Το νησί αφού έμεινε κενό για αρκετά χρόνια, μια ομάδα 100 και πλέον ιθαγενών Αμερικανών ακτιβιστών κατέλαβε το εγκαταλελειμμένο νησί των φυλακών τον Νοέμβριο του 1969 σε μια προσπάθεια να διεκδικήσει τη γη ως το ιθαγενικό έδαφος που εξακολουθεί, στην πραγματικότητα, δικαιωματικά να είναι σήμερα.
Παρόλο που η παραμονή της ομάδας έληξε τελικά ανεπιτυχώς λόγω εσωτερικών διαφωνιών μεταξύ των ακτιβιστών και άλλων που είχαν έρθει στο νησί κατά τη διάρκεια της κατάληψης, παραμένει ένα σημαντικό και ενδυναμωτικό γεγονός στην ιστορία των κινημάτων για τα πολιτικά δικαιώματα των ιθαγενών Αμερικανών και το κίνημα «Επιστροφή στη Γη».