Το έργο της αποκατάστασης του Τεμένους Βαγιαζήτ στο Διδυμότειχο εντάχθηκε στο Ταμείο Ανάκαμψης και Ανθεκτικότητας με προϋπολογισμό 10.531.772 ευρώ και ορίζοντα ολοκλήρωσης το 2025.
Όπως δήλωσε η υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού Λίνα Μενδώνη, «Το Τέμενος Βαγιαζήτ, εμβληματικό μνημείο του Διδυμοτείχου και ένα από τα πλέον σημαντικά μνημεία της Oθωμανοκρατίας, έχει μπει σε τροχιά αποκατάστασης, με εξασφαλισμένο προϋπολογισμό και συγκεκριμένο χρονοδιάγραμμα. Από το 2017, όταν η φωτιά κατέστρεψε το μεγαλύτερο μέρος του μνημείου, χρειάστηκε να περάσουν τρία χρόνια, μέχρι το 2020, ώστε να ανατεθεί από το Υπουργείο Πολιτισμού και Αθλητισμού στο Εθνικό Μετσόβιο Πολυτεχνείο ερευνητικό πρόγραμμα, προκειμένου να προταθούν οι βέλτιστες λύσεις για την αποκατάσταση του ιδιαίτερα σημαντικού και με πολυπλοκότητα στην κατασκευή του. Η αποκατάσταση του Τεμένους είναι ένα σύνθετο έργο με μεγάλες τεχνικές δυσκολίες ως προς τις παρεμβάσεις στο λιθόκτιστο κέλυφος, οι οποίες εντάθηκαν μετά τη φωτιά, όσο και ως προς την ανακατασκευή της ξύλινης στέγης του. Χάρη στην συνεργασία των αρμοδίων υπηρεσιών του Υπουργείου Πολιτισμού και Αθλητισμού με την επιστημονική ομάδα του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου εκπονήθηκε η σωστή αναστηλωτική πρόταση, ώστε το μνημείο να αποκατασταθεί σύμφωνα με τις αρχές της επιστήμης και της δεοντολογίας».
Τον Ιούνιο 2022, το Κεντρικό Αρχαιολογικό Συμβούλιο γνωμοδότησε ομόφωνα θετικά για τις προτεινόμενες, λύσεις έπειτα από διερεύνηση της αρχιτεκτονικής, στατικής, σεισμικής συμπεριφοράς και επάρκειας του μνημείου, ακολουθώντας την τεκμηρίωση και ανάλυση του μνημείου στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος του ΕΜΠ, προϋπολογισμού 250.000 ευρώ, το οποίο χρηματοδοτήθηκε από το ΥΠΠΟΑ.
Σύμφωνα με ανακοίνωση του ΥΠΠΟΑ, το Τέμενος πρόκειται να αποκατασταθεί στα πρότυπα της τελευταίας φάσης του, των αρχών του 20ου αιώνα, με παράλληλη ανάδειξη στοιχείων προηγούμενων φάσεων, ώστε να είναι αναγνώσιμη η δομική ιστορία του μνημείου, όπως και οι επεμβάσεις που έγιναν σε διάφορες χρονικές περιόδους. Επιπλέον, με χρηματοδότηση από το ΠΕΠ Ανατολικής Μακεδονίας-Θράκης- ΕΣΠΑ 2014-2020, ύψους 3.428.876 ευρώ, συνεχίζονται τα συνοδά έργα και η διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου του μνημείου.
Το Τέμενος Βαγιαζήτ εγκαινιάστηκε, σύμφωνα με την επιγραφή της εισόδου του, το Μάρτιο του 1420. Καλύπτει έκταση σχεδόν ενός στρέμματος και αποτελείται από μια τετραγωνικής κάτοψης αίθουσα προσευχής και έναν μιναρέ στη δυτική γωνία. Κατά την πυρκαγιά που εκδηλώθηκε στις 22 Μαρτίου 2017 καταστράφηκε η στέγη του Τεμένους καθιστώντας επιτακτική τη πλήρη αποκατάστασή του και κυρίως την ανακατασκευή του συνόλου της στέγης του. Η επιστέγαση της δρύινης στέγης με φύλλα μολύβδου συνέτεινε στην εξαιρετική μνημειακότητά του, ενώ η περίπλοκη διάρθρωση του σκελετού της την καθιστά, επιπλέον, ως ίδια κατασκευή, ένα εκ των σημαντικότερων ιστορικών ξύλινων μνημείων επί ευρωπαϊκού εδάφους.
Σειρά διαβρωτικών φαινομένων, άστοχες παλαιότερες επεμβάσεις κυρίως στον περιβάλλοντα χώρο, αλλά και η αποσύνθεση και πτώση στο εσωτερικό της στέγης της μονωτικής πηλοκονίας, που κάλυπτε τις επιτεγίδες, κατέστησαν αναγκαία σειρά προκαταρκτικών επεμβάσεων.
Για την υλοποίηση των πολλαπλών και σύνθετων επεμβάσεων αποκατάστασης του μνημείου απαιτήθηκαν πρόδρομες εργασίες στο εσωτερικό και στο περίβλημα του μνημείου, καθώς και η κατασκευή προσωρινού στεγάστρου προστασίας, αλλά και η πλήρης κάλυψη του εσωτερικού εμβαδού του με ικριώματα υποστύλωσης βαρέος τύπου.