Μπορεί το τελικό πόρισμα να υποδείκνυε τον Λι Χάρβεϊ Όσβαλντ ως μοναδικό δράστη και υπεύθυνο της δολοφονίας του Τζων Φιτζέραλντ Κένεντι, ωστόσο οι περισσότεροι από τους Αμερικανούς πολίτες φαίνεται πως ποτέ δεν το πίστεψαν αυτό στα αλήθεια: σύμφωνα με δημοσκόπηση του 2013, όχι λιγότερο από το 62% των Αμερικανών πιστεύουν ότι υπήρχε μια πιο ευρεία συνωμοσία/σκοτεινό σχέδιο πίσω από τη δολοφονία, που πήγαινε πέρα από τον «μοναχικό» και ιδιόρρυθμο Όσβαλντ. Όπως αναφέρεται σε σχετικό ρεπορτάζ της Washington Post, έχει εκτιμηθεί πως για τη δολοφονία Κένεντι έχουν κατηγορηθεί ως εμπλεκόμενες 42 οργανώσεις, 82 πιθανοί εκτελεστές και 214 άτομα επωνύμως για την υπόθεση της δολοφονίας του JFK. Ως εκ τούτου, η δημοσιοποίηση των 2.800 εγγράφων για την υπόθεση με εντολή Τραμπ, από την οποία όμως έμειναν έξω χιλιάδες άλλα, πιο «ευαίσθητα» έγγραφα, κατόπιν ισχυρών πιέσεων από το FBI, τη CIA και άλλες υπηρεσίες, άφησε πολλούς ανικανοποίητους- και θεωρείται ότι τα έγγραφα αυτά μάλλον θα αναζωπυρώσουν παρά θα μειώσουν το ενδιαφέρον για τις θεωρίες περί συνωμοσίας στη δολοφονία Κένεντι.
Ακολουθούν οι έξι πιο διαδεδομένες εξ αυτών.
α) Η ύπαρξη πολλαπλών σκοπευτών: Πηγάζει από τα συμπεράσματα επιτροπής που δημιουργήθηκε από τη Βουλή των Αντιπροσώπων το 1976 για τις υποθέσεις των δολοφονιών Κένεντι και Μάρτιν Λούθερ Κινγκ. Αν και, όπως στην περίπτωση της Επιτροπής Γουόρεν, δεν βρέθηκαν στοιχεία που να υποδεικνύουν εμπλοκή της ΕΣΣΔ, της Κούβας ή της CIA, το συμπέρασμα της επιτροπής ήταν πως «πιθανότατα» υπήρξε συνωμοσία και κάποιος δεύτερος σκοπευτής.
β) Ο άνθρωπος με την ομπρέλα: Η πιο δημοφιλής θεωρία περί πολλαπλών σκοπευτών επικεντρώνεται στον «Umbrella Man»- μια φιγούρα που εθεάθη να κρατά μια μαύρη ομπρέλα εκείνη την ηλιόλουστη ημέρα της δολοφονίας του Κένεντι. Κάποιοι λένε πως έριξε βελάκι με δηλητήριο στον Κένεντι, αδρανοποιώντας τον και καθιστώντας τον εύκολο στόχο για τους σκοπευτές. Στο «JFK» του Όλιβερ Στόουν ο «Umbrella Man» εμφανίζεται να δίνει σήματα στους εκτελεστές. Παρόλα, αυτά, η θεωρία αυτή θεωρείται πως έχει ανατραπεί επαρκώς, καθώς το 1978, 15 χρόνια μετά τη δολοφονία, ο Λούι Στίβεν Βιτ είπε στην επιτροπή της Βουλής των Αντιπροσώπων πως είχε φέρει την ομπρέλα για να ενοχλήσει τον πρόεδρο, σε ένδειξη διαμαρτυρίας (παρέπεμπε στον Βρετανό πρωθυπουργό Νέβιλ Τσάμπερλεν, γνωστό για τη στάση εξευμενισμού των Ναζί, τον οποίο είχε υποστηρίξει ο πατέρας Κένεντι).
γ) Δουλειά εκ των έσω: Πολλοί θεωρούν ότι ενεπλάκησαν αξιωματούχοι της κυβέρνησης των ΗΠΑ, και μια θεωρία (ιδιαίτερα ακραία, καθώς βασίζεται σε ένα κακό αντίγραφο του διάσημου φιλμ του Ζαπρούντερ) θέλει τη σφαίρα να προέρχεται από τον ίδιο τον οδηγό. Η πιο διαδεδομένη εκδοχή της «βλέπει» ως εμπλεκόμενη τη CIA και ίσως ακόμα και τον Λίντον Τζόνσον, τον αντιπρόεδρο που ορκίστηκε πρόεδρος αμέσως μετά τη δολοφονία.
δ) Εμπλοκή Κουβανών και σοβιετικών πρακτόρων: Κάποιοι πιστεύουν πως πολλά από τα έγγραφα που δεν αποχαρακτηρίστηκαν σχετίζονται με το εξαήμερο ταξίδι του Όσβαλντ στην Πόλη του Μεξικού δύο μήνες πριν τη δολοφονία, ενώ δεν είναι λίγοι αυτοί οι οποίοι θεωρούν ότι ο Όσβαλντ έλαβε εντολές από σοβιετικούς ή Κουβανούς πράκτορες εκεί. Υπενθυμίζεται πως ο Όσβαλντ είχε πάει το 1959 στην ΕΣΣΔ, όπου έμεινε για δυόμισι χρόνια πριν χαθεί η διασημότητα που είχε κερδίσει ως Αμερικανός αποστάτης. Εικάζεται πως αυτό που ήθελε να κάνει στο Μεξικό ήταν να κανονίσει να μετακομίσει σε μια κομμουνιστική χώρα, και ουκ ολίγοι είναι αυτοί που πηγαίνουν ένα βήμα παραπέρα και λένε ότι ο Όσβαλντ όντως ήρθε σε επαφή με ξένους πράκτορες , ενώ ήταν υπό παρακολούθηση από τις αμερικανικές υπηρεσίες πληροφοριών- οι οποίες όντως γνώριζαν τι ετοίμαζε, αλλά το άφησαν εσκεμμένα να συμβεί, καθώς ήθελαν να ξεφορτωθούν τον Κένεντι.
ε) Η Μαφία: Ο Ρόμπερτ Κένεντι φέρεται τις πρώτες ημέρες μετά τη δολοφονία να είχε τον φόβο πως για τη δολοφονία του αδελφού του ευθυνόταν έμμεσα και ο ίδιος, λόγω των προσπαθειών του εναντίον της Μαφίας, αλλά για την εξόντωση του Φιντέλ Κάστρο. Ωστόσο δεν υπάρχουν στοιχεία που να υποστηρίζουν αυτή τη θεωρία.
στ) Ο πατέρας του Τεντ Κρουζ: Όταν ο Ντόναλντ Τραμπ είχε απέναντί του, ως αντίπαλο για το χρίσμα των Ρεπουμπλικανών, τον Τεντ Κρουζ, ισχυρίστηκε πως ο πατέρας του δεύτερου, Ραφαέλ Κρουζ, είχε θεαθεί μαζί με τον Όσβαλντ πριν τη δολοφονία. «Κανείς δεν μιλάει για αυτό» είχε σχολιάσει χαρακτηριστικά. Η θεωρία αυτή, η οποία σε γενικές γραμμές έχει απορριφθεί, πηγάζει από ένα δημοσίευμα του National Enquirer που συνοδευόταν από μια φωτογραφία όπου, σύμφωνα με την αμερικανική ταμπλόιντ, ο Όσβαλντ και ο Ραφαέλ Κρουζ φαίνονταν να μοιράζουν φυλλάδια υπέρ του Κάστρο στη Νέα Ορλεάνη το 1963. Ο Τραμπ επέμεινε σε αυτή τη θεωρία και μετά την εξασφάλιση του χρίσματος, τονίζοντας ότι ο National Enquirer αξίζει σεβασμού. «Αν ήταν οι New York Times, θα είχαν πάρει Πούλιτζερ», είχε πει χαρακτηριστικά.