Πολλοί που έχουν μια κριτική στάση απέναντι στην Ευρωπαϊκή Ένωση, αντιδρούν στις ντιρεκτίβες που έρχονται από τις Βρυξέλλες. Οι οδηγίες βέβαια της Ευρωπαϊκής Ένωσης παράγονται με τρόπο πολύ πιο πολύπλοκο από αυτό που ονομάζουμε «γραφειοκρατία των Βρυξελλών». Εκτός από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή, υπάρχουν τα συμβούλια των υπουργών, που είναι τα αποφασιστικά όργανα, και το ευρωκοινοβούλιο που συνδιαμορφώνει στην πραγματικότητα τη νομοθεσία της Ευρωπαϊκής Ένωσης.
Ίσως η πιο θετική συμβολή της Ευρωπαϊκής Ένωσης είναι η νομοθεσία για το φυσικό περιβάλλον και τη διατήρηση της βιοποικιλότητας.
Τα κράτη-μέλη, και ίσως ακόμα περισσότερο η Ελλάδα, θα είχαν κάνει πολύ λίγα για τη διατήρηση των ειδών, του τοπίου και των προστατευόμενων περιοχών. Πολλές περιοχές θα είχαν καταστραφεί με σχέδια, καθώς δεν θα υπήρχαν οι τόποι Natura με ειδική διαχείριση, και, όσον αφορά όλη τη χώρα, δεν θα υπήρχε η διαδικασία της περιβαλλοντικής αδειοδότησης.
Η προστασία της φύσης συνδέεται με τη διατήρηση της βιοποικιλότητας, η οποία δομήθηκε με δύο οδηγίες. Η πρώτη είναι η «περί της διατηρήσεως των αγρίων πτηνών», του 1979, και η δεύτερη «για τη διατήρηση των φυσικών οικοτόπων καθώς και της άγριας πανίδας και χλωρίδας», του 1992. Οι δύο αυτές οδηγίες είναι αλληλοσυμπληρούμενες καθώς οδηγούν σε δύο κατηγορίες τόπων Natura, μερικές φορές επικαλυπτόμενων: τις Ζώνες Ειδικής Προστασίας (ΖΕΠ) για την ορνιθοπανίδα και τις Ειδικές Ζώνες Διατήρησης (ΕΖΔ) για όλα τα άλλα είδη χλωρίδας, πανίδας και τους τύπους οικοτόπων.
Οι χώρες-μέλη θα πρέπει να συμμορφώνονται με αυτές τις δύο οδηγίες και να δημιουργήσουν κατάλληλες ζώνες προστασίας των ειδών και διατήρησης οικοτόπων σε αντιπροσωπευτική και φυσική μορφή. Οι τόποι Νatura πρέπει να είναι το 30% του χερσαίου και του θαλάσσιου τμήματος κάθε χώρας. Αυτό δεν σημαίνει ότι σε όλη την υπόλοιπη έκταση δεν λαμβάνονται μέτρα για τη διατήρηση των ειδών, ούτε ότι εντός των τόπων Νatura απαγορεύονται τα πάντα. Μόνο στο 10% της έκτασης κάθε χώρας θα διαμορφωθούν ζώνες αυστηρής προστασίας. Στο υπόλοιπο ρυθμίζονται οι συμβατές δραστηριότητες. Η γεωργία, η αλιεία, η κτηνοτροφία διατηρούνται στους τόπους Natura, ακόμα και το κυνήγι δεν απαγορεύεται πλήρως. Ακόμα και η δόμηση ή ανάπτυξη ΑΠΕ μπορεί να ρυθμιστεί. Οι μεγάλες αλλαγές όμως στις χρήσεις γης πρέπει να υπόκεινται σε ειδική περιβαλλοντική αδειοδότηση που διασφαλίζει ότι δεν αλλοιώνεται η συνοχή του δικτύου και ότι θα συνεχίσει απρόσκοπτα η παρουσία των ειδών με πληθυσμούς που εξασφαλίζουν βιωσιμότητα.
Η σχέση της Ελλάδας με την Ευρωπαϊκή Ένωση στα ζητήματα φυσικού περιβάλλοντος περνάει συνήθως από τα δικαστήρια. Όλες οι χώρες όμως έχουν προβλήματα με την ευρωπαϊκή νομοθεσία και όλες έχουν φτάσει στο Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΔΕΕ) μετά από καταγγελίες πολιτών ή από την Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Η χώρα μας δεν έχει περισσότερες υποθέσεις που καταλήγουν στο δικαστήριο, αυτές όμως που σχετίζονται με το φυσικό περιβάλλον είναι από τις πιο σημαντικές.
Καθώς η Ελλάδα επιδιώκει την απορρόφηση κονδυλίων από την ΕΕ, σχεδόν το σύνολο των δράσεων για το φυσικό περιβάλλον έγινε με χρηματοδοτήσεις της ΕΕ σε ποσοστά που ξεπερνούσαν το 70%. Η χώρα απορροφούσε κονδύλια, εκπονούσε μελέτες, υλοποιούσε και έργα, αλλά ανέβαλλε συστηματικά τη θεσμοθέτηση. Κάθε βήμα γινόταν πάντα λίγο πριν να φτάσει η υπόθεση στο τελικό στάδιο στο ΔΕΕ ή αμέσως μετά. Τα Προεδρικά Διατάγματα για την κήρυξη προστατευόμενων περιοχών, που έπρεπε να είχαν εκδοθεί εδώ και δεκαετίες, ακόμα βρίσκονται στα αρχικά στάδια, καθώς τώρα ολοκληρώνονται οι Ειδικές Περιβαλλοντικές Μελέτες για όλους τους τόπους Νatura.
Ένας άλλος τρόπος υστέρησης της Ελλάδας είναι η οριακή εφαρμογή των οδηγιών για το φυσικό περιβάλλον, καθώς, με τη νομοθεσία που υιοθετήθηκε σε συμμόρφωση με τις δύο οδηγίες, γίνεται παραποίηση του πνεύματος των οδηγιών, ειδικά όσον αφορά την περιβαλλοντική αδειοδότηση έργων και δραστηριοτήτων και, ειδικότερα, μετά το 2010, τη δυνατότητα τοποθέτησης αιολικών και φωτοβολταϊκών στις πιο ευαίσθητες ζώνες για τα είδη.
Ένα κόλπο που έκανε η Ελληνική Δημοκρατία, αλλά και πολλές άλλες χώρες, είναι να περιορίζει τα είδη στα οποία δίνεται ιδιαίτερη προσοχή σε κάθε ΖΕΠ μόνο στα πιο χαρακτηριστικά.
Να ένα παράδειγμα: Ο χρυσαετός (Aquila chrysaetos), που είναι είδος απειλούμενο και σπάνιο και προστατεύεται βάσει της οδηγίας «περί της διατηρήσεως των αγρίων πτηνών», θεωρείται είδος χαρακτηρισμού μιας ΖΕΠ στην Ελλάδα αν έχει στην περιοχή τουλάχιστον 3 ζευγάρια. Αν το είδος είναι παρόν σε μια ΖΕΠ με λιγότερα ζευγάρια δεν θεωρείται είδος χαρακτηρισμού και συνεπώς, σύμφωνα με μια Κοινή Υπουργική Απόφαση του 2012, δεν λαμβάνονται τα ίδια μέτρα γι’ αυτό. Σύμφωνα με την πρακτική που ακολουθείται σήμερα, δεν υπάρχει υποχρέωση για εκτίμηση επιπτώσεων όσον αφορά το είδος κατά τη διαδικασία περιβαλλοντικής αδειοδότησης και θα μπορούσε κοντά στη φωλιά του, π.χ., να ανοιχτεί ένας δρόμος ή να τοποθετηθεί ανεμογεννήτρια.
Όταν εκδόθηκε η Κοινή Υπουργική Απόφαση, έγιναν προσφυγές στο Συμβούλιο της Επικρατείας (ΣτΕ) από την Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρεία και από το Δίκτυο Οικολογικών Οργανώσεων Αιγαίου. Μετά από 12 χρόνια, το ΣτΕ δεν είχε ολοκληρώσει την εξέταση και έθεσε προδικαστικά ερωτήματα στο ΔΕΕ. Η υπόθεση εκδικάστηκε στις 17 Ιανουαρίου 2024 με τη συμμετοχή πολλών άλλων χωρών που είχαν παρόμοια ζητήματα σκόπιμης παρερμηνείας, αν και όχι τόσο κραυγαλέα όσο της Ελλάδας. Από την όλη διαδικασία και κυρίως από τη στάση της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, που χαρακτηρίζει «μηχανιστική και περιοριστική» την ελληνική ερμηνεία, διαφάνηκε ότι η απόφαση θα είναι πολύ καθοριστική και δεν θα επιτρέψει στις χώρες να ελαστικοποιήσουν το πνεύμα της οδηγίας.
Στην Ελλάδα, οι πολλοί δεν ενδιαφέρονται για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας και του τοπίου. Αν δεν υπήρχαν οι οδηγίες για το φυσικό περιβάλλον, μάλλον θα είχαμε καταστρέψει πολλές περιοχές. Το ίδιο θα έκαναν και πολλές χώρες που θα ήθελαν γρήγορη ανάπτυξη χωρίς περιορισμούς και χωροθέτηση. Αναδεικνύεται από πολλούς μια λαϊκίστικη προσέγγιση άρνησης εφαρμογής των οδηγιών της ΕΕ, που όμως καταλήγει προς όφελος λίγων που επιθυμούν να μην υπάρχουν έλεγχοι στην ανάπτυξη έργων και υποδομών. Αυτό ακούγεται κάπως περίεργο, δεδομένου ότι ακόμα και ο ΣΕΒ έχει δηλώσει πολλές φορές ότι θα ήθελε σαφές πλαίσιο χωροταξικής οργάνωσης, για να γνωρίζουν εξ αρχής τις περιοχές που πρέπει να αποφύγουν και τις περιοχές όπου μπορούν να αναπτυχθούν υποδομές και δίκτυα.
Οι σύμβουλοι των υπουργών όμως, διότι αυτοί στην πραγματικότητα συντάσσουν τις αποφάσεις, φαίνεται ότι επηρεάζονται από καιροσκοπικά κεφάλαια και εταιρείες και από κοντόφθαλμους παράγοντες της τοπικής αυτοδιοίκησης. Φτάνεις έτσι να πιστεύεις ότι ο μόνος δρόμος προστασίας του περιβάλλοντος είναι η συμμόρφωση με κανόνες που συνδιαμορφώνονται στην ΕΕ καθώς μόνο έτσι είναι βέβαιο ότι θα υπάρχει καλή κατάσταση διατήρησης των ειδών και του τοπίου και για τις επόμενες γενιές, σε πείσμα της νεοφιλελεύθερης δημαγωγίας.