Ευθύς αμέσως με την αποβίβαση του στο Ναύπλιο, (6.1.1828), αποδεχόμενος την εκλογή του, ως πρώτου κυβερνήτη της Ελλάδος, κατά το ψήφισμα της Γ’ Εθνοσυνέλευσης των Ελλήνων (2.4.1827), ο Ιωάννης Καποδίστριας θα οριοθετήσει το ανορθωτικό πολιτικό του πρόταγμα για τη σύσταση της Ελληνικής Πολιτείας. Όπως χαρακτηριστικά περιγράφει:
«Ἐργάζομαι νὰ σχηματίσω ἀπὸ τὸ ἄθροισμα πολλῶν ἀνθρώπων ἕναν λαόν. Ἀγωνίζομαι νὰ συμπήξω κράτος. Οἱ ἀντίπαλοί μου δὲν εἶναι ἐχθροί μου προσωπικοί, εἶναι ἐχθροὶ τῆς τάξεως καὶ τῆς εὐνομίας, καὶ οἱ σοβαρώτεροι σύμμαχοι τῶν κομμάτων, ἅτινα ἀντιπράττουν εἰς τὸ ἔργον μου εἶναι οἱ ἀντιζηλίαι τῶν Δυνάμεων. Καὶ αὐτὰ τὰ Ἀνακτοβούλια, οὐχὶ σπανίως, γίνονται φατριαστικά. Δὲν πρέπει νὰ περιμένῃ τις πάντοτε παρ’ αὐτῶν δικαιοσύνην καὶ ἀλήθειαν…».
Συνεπαγόμενα η απόφασή του για την αναστολή του Συντάγματος της Τροιζήνας, συνεκτιμάται υπό το πρίσμα της απουσίας των στοιχειωδών συστατικών (έδαφος, λαός, εξουσία) μιας κρατικής οντότητας, καθιστώντας αβέβαιη την τύχη των Ελλήνων και υπονομεύοντας τις όποιες δυνατότητες για την υλοποίηση των όρων της Ιουλιανής Συνθήκης (6.7.1827). Στο πλαίσιο αυτής της συλλογιστικής και προσδιορίζοντας εναργώς το μέτρο της εσωτερικής, οικονομικοστρατιωτικής και κοινωνικοπολιτικής αποδιάρθρωσης, θα εκκινήσει τις διαδικασίες για τη συγκρότηση μιας διατακτικής, εκτελεστικής εξουσίας ικανής και αναγκαίας για την εγκαθίδρυση της «εσωτερικής ευταξίας και της εξωτερικής αξιοπιστίας».
Αναλυτικότερα στην προκήρυξή του προς τους Έλληνες (20.1.1828) ανέφερε:
«Αι τιμαί δε αι αποδοθείσαι εις την σημαίαν μας τη 12 του παρόντος μηνός, και αι εκλάμψασαι περί των καθίδρυσιν της προσωρινής κυβερνήσεως, σας γίνονται εχέγγυοι, ότι, αν ο ρηθείς σκοπός δεν κατωρθώθη ακόμη, δεν θέλει όμως επιβραδύνι αφ’ ού η εσωτερική κυβέρνησις, δύναται γενομένη δια των νόμων, να σας λυτρώση από τας μάστιγας της αναρχίας και σας φέρη βαθμηδόν εις την ηθικήν και πολιτικήν επανάρρωσιν. Και τότε μόνο θέλετε παρέξη εις τους συμμάχους βασιλείς τα πιστά, ώστε προαιρέσεως ήτις και την συνθήκην, υπηγόρευσε της 6 ιουλίου και το αειμνημόνευτον έργον της 8(20) οκτωβρίου. Πριν όμως γείνη οι τοιαύτη μεταβολή, ουδένα λόγον έχετε να ελπίζετε μήτε τα βοηθήματα όσα εζήτησα δια σας, ούτε άλλο τι των αναγκαίων εις σύστασιν της εσωτερικής ευταξίας και της εξωτερικής αξιοπιστίας σας. Λυπούμεν ότι η συνέλευσις της Τροιζήνος δεν έδωκεν εις το Βουλευτικόν σώμα την αναγκαίαν ισχύν προς ασφάλειαν της εθνικής ανεξαρτησίας. Και επειδή δεν είναι δυνατόν να συγκαλεσθή νέα συνέλευσις προ του απριλίου μηνός και εν τω μεταξύ η μένουσα στάσις των πραγμάτων παρετεινομένη κινδυνεύει να βλάψη το παν και να σας κάμη να χάσετε τον ιερόν καρπόν τόσων ανδρειόψυχων αγώνων και καρτερικών μόχθων και θυσιασμών, […]˙ δια ταύτα, πράττων το επ’ εμοί, την μεν συγκάλεσιν νέας εθνικής συνελεύσεως παρασκευάζω δια τον απρίλιον μήνα, μέχρι δε τότε παραδέχομαι και συνιστώ είδος τι προσωρινής κυβερνήσεως σύμμορφον με τας κείμενας αρχάς παρά των συνελεύσεων της Επιδαύρου, του Άστρους, και της Τροιζήνος. Έκλεξας δε το είδος τούτο της κυβερνήσεως αφ’ ου συνεβουλεύθην το, τε Βουλευτικόν σώμα και την γνώμην των εμπειροτέρων εξ υμών, προσμένω την υποστήριξιν και παρ’ αυτών και παρά πάντων όσοι ποτέ εις την τιμήν υψώθησαν της εθνικής αντιπροσωπείας δια των ψήφων επαρχιών, και τους προσκαλώ συνεταίρους και εις τα έργα και εις το υπεύθυνόν μου από την μέλλουσαν κρίσιν της εθνικής συνελεύσεως».
Στο περιβάλλον αυτό καλείται να αντιπαρέλθει με τα φυγόκεντρα κέντρα της προεστικής εξουσίας (περιπτώσεις Ύδρας-Μάνης), την ανυπαρξία συντεταγμένων εσωτερικών οικονομικών, στρατιωτικών και διοικητικών δομών, την εσωτερική αταξία, τις οθωμανικές και αιγυπτιακές δυνάμεις κατοχής σε εδάφη της Στερεάς και Πελοποννήσου.
Τοιουτοτρόπως οφείλει να προσμετρήσει και τους αναφυόμενους εξωτερικούς περιορισμούς κατά το στάδιο των διαπραγματεύσεών του με τις δυνάμεις της ευρωπαϊκής δεσποτείας που αντίκεινται σε οποιαδήποτε πολιτειακό-πολιτικό πλαίσιο δημοκρατικής οργάνωσης και τις εσωτερικές δυνάμεις (προύχοντες) που είχαν ιδιοποιηθεί τα κοινά και νέμονταν το δημόσιο πλούτο (εθνικές γαίες) αποστερώντας από το σύνολο της κοινωνίας την μετοχή της στην πολιτική λειτουργία (ψήφος).
Εύλογα λοιπόν η προσωρινή συγκέντρωση όλων των εξουσιών υπό το πρόσωπό του, αντικαθιστώντας την Εθνοσυνέλευση με το Πανελλήνιο συμβούλιο, ως αμιγώς γνωμοδοτικό όργανο, και διαμορφώνοντας ένα λυσιτελή διοικητικό μηχανισμό συμμορφούμενο με τις κείμενες αρχές των εθνοσυνελεύσεων της Επιδαύρου, του Άστρους και της Τροιζήνας, αναδεικνύονταν σε έσχατη κοινωνικοπολιτική αναγκαιότητα, αφενός για την επιβίωση του ελλαδικού ελληνισμού και αφετέρου για την αναγνώριση της διεθνούς νομικής υπόστασης του ελληνικού κράτους, ως προϋποτιθέμενη συνθήκη για τη διπλωματική διαχείριση των εκκρεμών ζητημάτων (γεωγραφικά όρια, πολιτειακό καθεστώς, κ.α.).
Ωστόσο η εργώδης προσπάθεια του Ιωάννη Καποδίστρια να συγκεράσει το πολυπολιτειακό σύστημα των ελληνικών κοινών με το συγκεντρωτικό πολιτειακό σύστημα ενός σύγχρονου αστικού κράτους, επαναφέροντας τον θεσμισμένο σε δήμο λαό «στα πράγματα των κοινών και στην εγγραφή των τελευταίων στο γενικότερο πολιτειακό γίγνεσθαι του κράτους» παράλληλα με την ανάληψη πολιτικών διαδικασιών για την επίλυση των μείζονων κοινωνικό-οικονομικών ζητημάτων, μεταξύ των οποίων η αναδιανομή των εθνικών γαιών και η συνένωση των δύο ελληνικών κόσμων –αυτοχθόνων-ετεροχθόνων– θα τον φέρει αντιμέτωπο με τις δυνάμεις του προυχοντισμού, οδηγώντας στην υπονόμευση του πολιτικού του προτάγματος με την δολοφονία του.
Όπως εναργώς περιγράφει ο Γιώργος Κοντογιώργης:
«σε αντίθεση με ότι συνέβαινε ως επί το πλείστον κατά την προ-επαναστατική περίοδο, η αυτονόμηση της προεστικής τάξης και η ιδιοποίηση της εξουσίας των κοινών από αυτήν, στη διάρκεια επανάστασης, εκδηλώθηκε εφεξής με την άρνησή της να εναρμονισθεί με το διατακτικό της εθνικής πολιτείας. Ακραίες εκδηλώσεις του φαινομένου αυτού αποτελούν οι περιπτώσεις των Υδραίων και των Μανιατών. Η προεστική τάξη θα αντιταχθεί στην απόφαση του Κυβερνήτη να αναλάβει το κέντρο μέρος των δημοσίων προσόδων ή να ελέγξει τον τρόπο της διαχείρισής τους από αυτήν. Ορισμένοι μάλιστα θα φθάσουν μέχρι του σημείου να αξιώσουν αποζημίωση για τις απώλειες που υπέστησαν λόγω της συμμετοχής τους στην επανάσταση».
Παρεπόμενα και εν είδει συμπεράσματος, το κράτος που επιχειρεί να συγκροτήσει ο Καποδίστριας, άγεται και φέρεται από τις εθνικές παραδόσεις, αντικατοπτρίζοντας την εταιρική οικοδόμηση των θεσμικών του παραμέτρων (κοινωνία, πολιτική, οικονομία, εκκλησία) συνδέοντας το σύστημα των ελληνικών κοινών που διατηρήθηκε καθ’ όλη την περίοδο της Οθωμανοκρατίας με μια κεντρική εκτελεστική εξουσία.
Ο επιμερισμός της διοίκησης μεταξύ των κοινών και της εκτελεστικής εξουσίας, υπό την προηγούμενη αποκατάσταση της πολιτικής ελευθερίας της κοινωνίας πολιτών και της συγκρότησής της σε δήμο, ανάγονταν σε ακρογωνιαίο λίθο του πολιτικού του εγχειρήματος, γι’ αυτό και θα επιδιώξει την αποδυνάμωση της ολιγαρχικής προεστικής τάξης, μέσω της καθολικής αναγνώρισης του δικαιώματος της ψήφου, ερχόμενος σε ευθεία αντιπαράθεση με το Πανελλήνιο, ως προς το ζήτημα του τρόπου εκλογής των πληρεξουσίων.
«Δεν ήθελα διστάσει ολόκληρον να το δεχθώ, αν δεν έβλεπα εις αυτό μίαν ανίκητον δυσκολίαν. Η δυσκολία αύτη υφίσταται εις το ότι δεν έχω την δύναμιν να κάμω ένα νόμον οποιονδήποτε, και πολλά ολιγώτερον ένα νόμον, ο οποίος θέτει όρους εις το δικαίωμα της ψήφου˙ δικαίωμα, το οποίον ο Ελληνικός λαός δοξάζει ότι μετεχειρίσθη έως σήμερον χωρίς περιορισμόν».