Από την εποχή του Φιλίππου Β΄ και του Μεγάλου Αλεξάνδρου, μέχρι την ρωμαϊκή κατάκτηση της ανατολικής Μεσογείου, οι μακεδονικοί στρατοί κυριάρχησαν στα Βαλκάνια και την Ασία. Η επιτυχία τους ήταν αποτέλεσμα άρτιας εκπαίδευσης, καινοτόμων τακτικών, υποδειγματικής οργάνωσης και αυστηρής πειθαρχίας. Το τελευταίο αυτό στοιχείο, εξασφαλιζόταν κυρίως με ένα σύστημα ποινών, το οποίο ήταν προσαρμοσμένο στον σκληροτράχηλο χαρακτήρα των Μακεδόνων στρατιωτών. Μόνο στην Σπάρτη οι αντίστοιχες τιμωρίες μπορεί να θεωρηθούν πιο αυστηρές – κι αυτές όχι πάντα.
Οι ποινές στις μακεδονικές ένοπλες δυνάμεις ήταν πολύ σκληρότερες σε σχέση με εκείνες που επιβάλλονταν στους στρατιώτες διάφορων δημοκρατικών πόλεων-κρατών. Αν κάποιος Αθηναίος οπλίτης, για παράδειγμα, πίστευε ότι είχε πέσει θύμα κατάχρησης εξουσίας, μπορούσε να προσφύγει δικαστικά εναντίον του ανωτέρου του, ο οποίος ήταν εκλεγμένος και όχι διορισμένος. Αντίθετα, στην Μακεδονία, μόνο ο βασιλιάς καθόριζε σε ποιες περιπτώσεις η συμπεριφορά ενός αξιωματικού απέναντι στους άνδρες του υπήρξε αντικανονική και σε ποιες όχι. Στην απόλυτη μοναρχία, ο τελευταίος λόγος ανήκει πάντοτε στον ηγεμόνα.
Για παραπτώματα μικρότερης βαρύτητας, το μαστίγωμα ήταν μια διαδεδομένη ποινή στους μακεδονικούς στρατούς. Η συγκεκριμένη τιμωρία επιβαλλόταν ακόμα και σε παραβάτες που ανήκαν αριστοκρατικές οικογένειες, αν και κάτι τέτοιο μάλλον δεν συνέβαινε τόσο συχνά. Πολλές φορές το μαστίγωμα γινόταν με σκληρές αλλά ευλύγιστες βέργες, φτιαγμένες από κλαδιά δέντρων. Ο αριθμός των χτυπημάτων φαίνεται ότι διέφερε, ανάλογα με την βαρύτητα της περίπτωσης και τις διαθέσεις του διοικητή που επέβαλλε την ποινή.
Τα ελαφρά παραπτώματα δεν επέσυραν πάντα σωματικές τιμωρίες. Ο βασιλιάς της Μακεδονίας, Φίλιππος Ε΄ (238 π.Χ – 179 π.Χ), είχε καθιερώσει ένα σύστημα προστίμων, για τις περιπτώσεις που οι άνδρες του δεν διατηρούσαν τον ιματισμό και τον οπλισμό τους σε καλή κατάσταση. Στο σημείο αυτό, αξίζει να σημειωθεί ότι ο μέσος μισθός ενός στρατιώτη της εποχής, υπολογίζεται περίπου σε 1-2 δραχμές την ημέρα, ενώ 1 δραχμή ισοδυναμούσε με 6 οβολούς. Σύμφωνα λοιπόν με τους κανονισμούς του Φιλίππου Ε΄, το πρόστιμο ενός οπλίτη, για περικεφαλαία ή περικνημίδες σε κακή κατάσταση, ήταν 2 οβολοί· για σπαθί και σάρισα 3 οβολοί, ενώ για ασπίδα μία ολόκληρη δραχμή. Τα παραπάνω ποσά διπλασιάζονταν στις περιπτώσεις που οι παραβάτες ήταν αξιωματικοί.
Οι Μακεδόνες διοικητές δεν έδειχναν μεγαλύτερη επιείκεια στους βαθμοφόρους τους και δεν τους εξαιρούσαν ποτέ από τους πειθαρχικούς κανονισμούς. Η αλήθεια πάντως είναι ότι, αρκετές φορές, οι αξιωματικοί διέπρατταν παραπτώματα που ήταν τελείως διαφορετικά από εκείνα των απλών στρατιωτών. Στις ιστορικές πηγές έχουν καταγραφεί κάποιες ιδιαίτερα ενδιαφέρουσες περιπτώσεις. Αυστηρότατη τιμωρία υπέστησαν μερικοί αξιωματικοί, οι οποίοι, για την προσωπική τους διασκέδαση, είχαν φέρει κρυφά μέσα στο στρατόπεδο αυλήτριες – ένας ευφημισμός της εποχής για τις ιερόδουλες. Κάποιοι άλλοι υπέστησαν πειθαρχικές ποινές, επειδή έκαναν μπάνιο σε ζεστό νερό, πράγμα που θεωρείτο υπερβολική πολυτέλεια και δείγμα μαλθακότητας.
Η ανυπακοή προς τους ανωτέρους, αποτελούσε ένα από τα σχετικά συχνά παραπτώματα, στον μακεδονικό στρατό. Μια συνηθισμένη πειθαρχική ποινή που εφαρμοζόταν σε τέτοιες περιπτώσεις, ήταν η πολύωρη ορθοστασία με πλήρη εξάρτυση. Ο τιμωρημένος, αναγκαζόταν να μείνει για αρκετές ώρες ακίνητος, σε στάση προσοχής, φορώντας περικεφαλαία και πλήρη πανοπλία και κρατώντας την ασπίδα και το δόρυ του. Η ποινή αυτή εφαρμοζόταν όχι μόνο από τους Μακεδόνες αλλά και όλους τους υπόλοιπους Έλληνες και θυμίζει περισσότερο «καψόνι». Άλλη τιμωρία για το παράπτωμα της ανυπακοής, ήταν η μετάθεση των παραβατών σε ποινικές μονάδες – κάτι σαν «τάγματα ανεπιθυμήτων», δηλαδή. Εκεί, οι συνθήκες διαβίωσης και υπηρεσίας ήταν πολύ πιο σκληρές και ο κάθε οπλίτης βρισκόταν υπό την συνεχή και ασφυκτική παρακολούθηση των ανωτέρων του.
Σε έναν στρατό που τα ελαφρά παραπτώματα τιμωρούνταν με μαστίγωση, τα σοβαρά αδικήματα δεν μπορούσαν παρά να επισύρουν την ποινή του θανάτου. Στο σύστημα πειθαρχικών κανόνων των Μακεδόνων διοικητών, η ιδιοκτησία των ανδρών ήταν το αμέσως σημαντικότερο αγαθό, μετά την ζωή τους. Κατά την διάρκεια των πολεμικών επιχειρήσεων, συσσωρεύονταν στα στρατόπεδα μεγάλες ποσότητες πολύτιμων αντικειμένων, τα οποία αποτελούσαν λάφυρα οπλιτών και αξιωματικών. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα να αυξάνεται ο κίνδυνος κρουσμάτων κλοπής, στις διάφορες μακεδονικές μονάδες. Το συγκεκριμένο αδίκημα απειλούσε όχι μόνο τα περιουσιακά στοιχεία των ανδρών αλλά και την συνοχή του στρατεύματος. Όταν γινόταν μια κλοπή, η δυσπιστία και οι αλληλοκατηγορίες, οδηγούσαν συχνά σε καυγάδες, που μπορούσαν να κλιμακωθούν γρήγορα, παίρνοντας ανεξέλεγκτες διαστάσεις. Για τον λόγο αυτό, οι Μακεδόνες διοικητές θανάτωναν πάντα οποιονδήποτε έκλεβε κάτι από κάποιον συστρατιώτη του.
Iδιαίτερη βαρύτητα δινόταν επίσης στην προστασία των γυναικών που διέμεναν μέσα στο στρατόπεδο. Κάποιες από αυτές τις κοπέλες αυτές ήταν σύζυγοι οπλιτών και αξιωματικών, που ακολουθούσαν τους άνδρες τους στις πολεμικές επιχειρήσεις, ενώ κάποιες άλλες αποτελούσαν λάφυρα πολέμου και ως εκ τούτου προσωπική ιδιοκτησία εκείνων που τις αιχμαλώτισαν. Όποιος βιαιοπραγούσε ή ασελγούσε εις βάρος αυτών των γυναικών, τιμωρείτο ασυζητητί με θάνατο. Ο Μέγας Αλέξανδρος μάλιστα, είχε παρομοιάσει τους βιαστές με «θηρία που γεννήθηκαν για να κατασπαράζουν ανθρώπους».
Οι Μακεδόνες διοικητές, εκτελούσαν συνήθως τους μελλοθάνατους στρατιώτες τους με ακόντιο ή με λιθοβολισμό. Για το αδίκημα της ανταρσίας όμως, επέλεγαν πιο αποτρόπαιες μεθόδους. Στις περιπτώσεις αυτές, το ζητούμενο δεν ήταν τόσο η πρόκληση του μέγιστου σωματικού και ψυχικού πόνου στους καταδικασμένους στασιαστές, αλλά ο παραδειγματισμός των υπόλοιπων πολεμιστών. Όταν ο Μέγας Αλέξανδρος κατέστειλε την ανταρσία της Ώπιδος, το 324 π.Χ, οι 13 αρχηγοί των εξεγερθέντων στρατιωτών θανατώθηκαν με πνιγμό. Αφού τους έδεσαν με αλυσίδες, ώστε να μην μπορούν να κινήσουν χέρια και πόδια, τους έριξαν μέσα στον ποταμό Τίγρη, όπου βρήκαν αργό και αγωνιώδη θάνατο. Ένα χρόνο μετά, υπήρξε νέο κρούσμα ανταρσίας, το οποίο αντιμετωπίστηκε με εξίσου σκληρό τρόπο. Όταν πέθανε ο Αλέξανδρος, το 323 π.Χ, πολλοί Μακεδόνες στρατιώτες εξεγέρθηκαν κατά των αξιωματικών τους. Η ανταρσία τους όμως κατεστάλη και 300 από αυτούς συνελήφθησαν και καταδικάστηκαν σε θάνατο. Η εκτέλεσή τους έγινε με μια ιδιαίτερα φρικτή μέθοδο. Ενώπιον ολόκληρου του στρατού, οι μελλοθάνατοι στασιαστές ερρίφθησαν στα πόδια ελεφάντων, οι οποίοι τους πολτοποίησαν με τα πέλματά τους.
